在醫療機構排放的廢棄物中，含有具有感染性的廢棄物。世界上就有過醫護人員在醫院內被使用後的註射器刺傷，感染乙型肝炎導致死亡的事故，類似的事故喚起了廣泛的社會性關註。對於具有感染性的醫療廢棄物，不經分類就與壹般廢棄物壹起排放，將造成在收集運輸過程中發生感染，增大在最終處理場擴大感染的風險，因此必須采取正確的排放及處理措施。

處理醫療垃圾廢棄物，大多采用焚燒處理或高壓蒸汽滅菌處理。在發達國家，雖然通過改良小型焚燒爐解決了二噁英類問題，而焚燒處理也因此成為主流的處理方法，但是針對醫院等產生感染性廢棄物的源頭單位，開發了各種滅菌處理設備如幹熱滅菌器及高壓蒸汽滅菌器等，並得到了普遍的運用。

根據廢棄物處理法，感染性廢棄物被指定為特別管理廢棄物，規定需采用以下列出的方法進行處理。采用３～５的處理方法時，應對感染性廢棄物進行破碎，確保能夠完全滅菌或消毒，避免感染性病原體飛散。采用1～2的處理方法時，應使焚燒設備燃燒室內的煙氣溫度保持在800℃以上，燃燒室處理能力不滿2噸/小時時，煙氣中二噁英類的排放指標應在5ng－TEQ/m³以下。

• 使用焚燒設備的焚燒方法
• 使用熔融設備的熔融方法
• 使用高壓蒸汽的滅菌方法
• 使用幹熱滅菌裝置的滅菌方法
• 消毒方法

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